物理科方面，建國高中陳泓志老師表示，今年試題整體難度適中，章節分布均勻，其中電與磁、能量相關題目比重約占一半，並結合生活與科技情境，強調文字與圖表閱讀理解。題目涵蓋起重機、小型核反應器與半導體先進製程等主題，部分題組計算量增加，須整合物理量關係與方向判斷，具一定鑑別度。
建國高中趙君傑老師指出，化學科呈現中等偏難走向。試題重視基本概念理解與實驗探究能力，圖表題超過五成，考生須具備資料判讀、推理與計算能力方能順利作答。考題結合生活情境與跨領域內容，如香蕉礦物質分析、化學與生物整合題組，並連結2023年諾貝爾化學獎，測驗學生理解與應用能力。
建國高中周麗芬老師分析，生物科相對偏易，今年試題是近五年來較簡單的一次，鑑別度中等，主要來自必修生物內容，題幹長度適中，以素養導向與圖表判讀為主。跨科題型較往年增加，但題目中出現重複概念，加上非選題提供作答範例，使整體作答難度降低，對高分群考生較不利。
地球科學則中間偏難。松山高中翁雪琴老師指出，試題符合108課綱素養精神，強調系統思考、推理論證與資料轉譯能力，圖表題與計算題比例提高。題目涵蓋天文、地質、大氣、海洋與環境變遷，並結合颱風、地震、潮汐等本土素材，跨科整合與探究實作題型具鑑別效果。
針對試題跨領域設計，高中老師認為，今年自然科跨科題型相當明確，且整合度高。多道題目結合物理、化學、生物與地球科學的核心概念，例如天文觀測、宇宙形成、放射性定年與環境議題等，引導學生運用不同學科的基本原理理解自然現象，有助學生理解自然科並非四個獨立科目，而是相互連結的整體學習，也符合素養導向與跨領域學習的命題方向。